一、种蛋的选择
种蛋表面最好标志上父鸵鸟与母鸵鸟的标号，以便查询血缘关系。
种蛋的重量最好在1250到1600克之间，过大或者过小都不利于孵化出健康的雏鸟。
种蛋的形状以椭圆形为最好。长形蛋、尖蛋、特圆形蛋、软蛋、畸形蛋都不可用于孵化。
蛋壳质量：良好的蛋壳表面呈现淡米黄色并且均匀分布一层透明、光滑、明亮的釉质膜，气室在蛋的钝端（大头）。蛋壳上气孔明显，许多气孔集中在蛋壳的钝端。
另外，被粪、尿、雨水污染的蛋不可以作为种蛋，因为有害细菌可能会透过蛋壳进入蛋内，影响种蛋的发育。
二、种蛋的消毒
对种蛋消毒，要有消毒设备，并有一定的消毒方法。
消毒设备：设计并制作消毒箱，箱体为长方形,容积在1.5~2立方米。选用优质十二合板，做成长方形箱体，底面积1米×1米，一面开门。箱体密封要好，消毒箱体分上、下部分，上半部分有若干个蛋架，蛋架与蛋架间隔25~30厘米（以操作方便为准）,蛋架上可放置蛋盘。下半部分占箱体容积的1/5~1/6，放置熏蒸消毒剂用。消毒箱体底面，安装万向轴承，推拉、转动轻便。
消毒方法
(1)福尔马林熏蒸消毒法：将被消毒的种蛋放箱内蛋架上，并将消毒箱推入消毒室。按照每立方米空间使用福尔马林20毫升(40%的浓度)、高锰酸钾10克,密封熏蒸消毒20分打开门，当福尔马林气味消散后将种蛋送入贮蛋室保存。在消毒过程中，由于福尔马林气体对胚胎也有伤害，故种蛋熏蒸剂浓度不宜过大,时间不宜太长。
(2)过氧乙酸熏蒸消毒法：按每立方米空间用过氧乙酸20~40毫升(16%浓度)、高锰酸钾2~3克，密封熏蒸消毒10分钟。操作方法同上。
(3)新洁尔灭药液消毒：选用0.1%新洁尔灭溶液，轻轻冲洗蛋面，清除蛋面污物，以达到消毒的目的。
新洁尔灭喷雾消毒主要用于种蛋即将入孵时的消毒。选用0.1%的新洁尔灭溶液喷雾消毒蛋面，喷雾要均匀，干燥后入孵。
三、种蛋保存
种蛋保存包括以下几个方面：
1、准备工作 贮蛋室要清洁、卫生、定期消毒。最好在室内安装紫外线灯用于定期消毒。
2、贮蛋 贮蛋是人为地创造条件使种蛋在孵化前胚胎暂不发育，保持新鲜种蛋的状态。因此，贮蛋室内的温度要控制在18摄氏度左右，不能高于23摄氏度。因为23摄氏度是种蛋发育的临界温度。高于23摄氏度，胚胎细胞开始分裂，胚胎发育在缓慢进行，这样的蛋入孵后会导致弱胚或死胚。
3、控制贮蛋室相对湿度 贮蛋室相对湿度控制在60%~70%，不能高于80%。湿度高于80%以上，易滋生细菌，影响蛋的质量。
4、种蛋的存贮时间 种蛋存贮5~7天是孵化最理想段。实践证明，贮存温度和入孵时间最理想的搭配为：贮蛋室温度为18~20℃时，种蛋贮7天可入孵；贮存温度为16~18℃，最多不超过15天便入孵；贮存温度为12℃，不得超过30天即入孵。在此期间要经常翻蛋。
5、种蛋放置方法 种蛋钝端向上存放在蛋架上，可防止气室移位。