孵化机的选择：首先要看孵化机外壳保温是否良好、进气孔和排气孔是否畅通，仪器、仪表的灵敏度是否准确。前后边缘与机中的温差有多少，一般温差越小越好。
孵化前的准备：孵化前应根据设备条件、孵化机的能力、种蛋数目全面考虑，周密安排，妥善制定《孵化工作日程计划表》，此表中将反映出入孵时间、种蛋数量、来源、品种、温度、湿度、出雏时间、翻蛋时间、值班人员数量、消毒、防疫程序措施、交换班时间等一系列内容。
所需用品的准备：消毒液、紫外线灯、干湿球湿度计、钟表、拖把、毛巾、棉花、剪刀、锁子、记录本、婴儿秤等。
孵化室的消毒：人孵前用点蒸法消毒（此前没有熏的情况下，可按每立方米用高锰酸钾6.5g，福尔马林13mL进行消毒）。出雏机内的垫子必须及时更换，要保持出机内干净无菌，每孵完一批蛋后清洗蛋盘熏蒸消毒一次，孵化机消毒时必须每个气孔都打开。
孵化过程：每年开始入孵前要进行验表、试机，开通孵化机1~2天看是否正常，待仪器、仪表都正常后方能入孵，否则就得重新校正，一切准备好后就开始孵化操作。
温度：胚胎发育的最适温度一般要求35℃-37℃比较适宜。孵化室的环境温度要求为20℃~22℃，孵化器内最适宜的温度对北方而言，应该是36.4℃，出雏器最适宜的温度为36.3℃。高温和低温对孵化均有影响，温度过高，能加速胚胎发育，缩短孵化时间，但死亡率增加，雏鸟成活率低；温度过低，胚胎发育退缓，孵化期延长，蛋黄大多吸收不良。在孵化过程中，要特别注意胚胎发育早期1~14天不能低温孵化，出雏期间38~42天不能高温孵化。
湿度：湿度是鸵鸟孵化中不可忽视的因素，它决定孵蛋的减重。因而胚胎发育的最适湿度应该为25%~45%，孵化的最适宜湿度一般为25%，使种蛋在孵化期减重控制在14%~16%，适宜的相对湿度可保证钙的吸收和增加胚胎的体积，同时也决定了气室的大小。总之，湿度过高和过低对孵化均有影响。湿度低，室内水分蒸发过多，容易引起胚胎与蛋壳粘连，出现雏鸟脱水和干脐带，蛋的减重会超过16%；湿度过高影响蛋内水分的正常蒸发，雏鸟脐带愈合不良，雏鸟较弱，颈部有水肿现象，腿和趾发育不正常，出壳无规律，蛋的减重还不足12%。一般情况下可根据蛋的减重来决定相对湿度是否适宜，在孵化期间，种蛋每日的减重应为0.33%~0.4%。这样相对湿度较为合适，这种用减重来判断相对湿度的高低，能获得较为理想的孵化效果，此法供大家参考。
通风换气：通风换气的目的就是给胚胎提供氧气，排出二氧化碳，同时合理的通风还起到均温、驱散余热的作用。
通风与胚胎的气体交换有着密切的关系，胚胎在发育的过程中除最初的一周外，必须不断地与外界进行气体交换，而且随着胚龄的增加而增加。尤其是38天以后，鸵鸟胚胎开始用肺呼吸，其耗氧量就更多，一般情况下，要求解化机内氧的含量为21%，二氧化碳的含量为0.3%比较适宜，否则影响孵化率。经试验氧气含量每减少1%，则孵化率下降5%，而二氧化碳的含量由0.3%增加到2%时，解化率也会下降，在我国北方气候较干燥，每个蛋一般每天需要5~7m²的空气循环就可以了。
通风换气也与胚胎的散热有关，胚胎的产热随日龄的递增成比例增加，尤其是孵化后期38~42天，胚胎代谢更加旺盛，产热更多，如果热量散发不出去，温度过高，将严重阻碍胚胎的正常发育，所以，孵化机内的风扇不仅提供胚胎发育所需的氧气，排出有害的二氧化碳气体，而且可使孵化器内各部位温度均匀，驱散余热。